Werner Wollenberger wurde am 6. Juni 1927 in Heilbronn, Deutschland, geboren. Mit seiner Familie emigrierte er 1933 nach Basel. Die Schuljahre verbrachte er bis zur Matura 1945 im Collegium Marianum in Vaduz. Schon während seines Studiums der Germanistik in Basel schrieb er für die "Basler Nachrichten" und den "Nebelspalter". 1948 bis 1951 war er Textautor beim Cabaret Kikeriki in Basel und arbeitete mit César Keiser zusammen. Mit seinen scharfen politischen Sketchen und poetischen Chansons fiel er auf und wurde 1949 von Otto Weissert, dem Gründer des legendären Cabaret Federal, als Autor engagiert.

Als 1959 das Theater am Hechtplatz eröffnet wurde, schrieb Wollenberger das Eröffnungs-Musical "Eusi chlii Stadt", für das Otto Weissert und Hans Moeckel die Musik komponierten. Es spielten unter anderem Zarli Carigiet, Stephanie Glaser, Margrit Rainer und Ruedi Walter. Aus diesem Musical stammt auch Wollenbergers berühmtestes Chanson "Mys Dach isch de Himmel vo Züri".

1960 schrieb Wollenberger mit Max Rüeger für das Zürcher Schauspielhaus die Neufassung von Walter Leschs musikalischer Komödie "Die kleine Niederdorf-Oper" mit der Musik von Paul Burkhard. Daneben verfasste er Hörspiele für Radio Basel, unter anderem "Verzell du das am Fährimaa". Seine wöchentliche Satiresendung "Der Barbier von Seldwyla" mit Walter Roderer wurde schweizweit bekannt. Er arbeitete für alle der nachfolgenden Satire-Sendungen am Schweizer Radio, zum Beispiel für "Jetzt schloots 13", "Samschtig Mittag" und "Oder".

Er verfasste die Drehbücher für die Spielfilme "Taxichauffeur Bänz" (1957), "Zum goldenen Ochsen" (1958), "SOS Gletscherpilot" (1959) mit dem legendären Piloten Hermann Geiger. Für die humoristische Krimiserie "Ein Fall für Männdli", eine Produktion von Helmut Dietl für das Deutsche und Schweizer Fernsehen schrieb er ebenfalls die Drehbücher. Auch die deutschen Kabaretts Die kleine Freiheit, Kom(m)ödchen und die Münchner Lach- und Schießgesellschaft spielten seine Texte.

Seine Texte wurden interpretiert von Lukas Ammann, Elsie Attenhofer, Blanche Aubry, Big Zis, Anne-Marie Blanc, Paul Bühlmann, Klaus Maria Brandauer, Zarli Carigiet, Traute Carlsen, Corin Curschellas, Inigo Gallo, Voli Geiler, Stephanie Glaser, Heinrich Gretler, Max Haufler, Emil Hegetschweiler, Ursula Herking, Hana Hegerová, Grete Heger, Michael von der Heide, Christiane Hörbiger, Dodo Hug, César Keiser, Margrit Läubli, Helmut Lohner, Lore Lorentz, Walter Morath, Simone Müller, Liselotte Pulver, Margrit Rainer, Walter Roderer, Maria Schell, Maximilian Schell, Jörg Schneider, Emil Steinberger, Schaggi Streuli, Fred Tanner, Ines Torelli, Helen Vita, Ruedi Walter, Peter Weck und viele mehr. Insgesamt hat er über 500 Chansons geschrieben.

Wollenbergers journalistische Laufbahn war vielseitig und setzte starke Akzente in der schweizerischen Presselandschaft. Er war mit Roman Brodmann Chefredakteur der 1962 gegründeten nonkonformistischen Wochenzeitschrift Zürcher Woche, wo er eng mit Walter Matthias Diggelmann, Friedrich Dürrenmatt, Jürg Federspiel und Jürg Ramspeck zusammenarbeitete.

Als Kolumnist und scharfzüngiger Theater- und Filmkritiker schrieb er regelmässig für zahlreiche Zeitungen und Zeitschriften im deutschen Sprachraum.

Ab 1967 betreute und moderierte er beim Schweizer Fernsehen die erste deutschsprachige Filmsendung und interviewte Persönlichkeiten wie Charlie Chaplin, Alfred Hitchcock, Audrey Hepburn, Elia Kazan, Joseph Losey, Louis Malle, François Truffaut und Fred Zinnemann.

1970 wurde er Dramaturg und künstlerischer Berater am Zürcher Schauspielhaus unter Direktor Harry Buckwitz. Er übersetzte Stücke von Edward Bond, Agatha Christie, Ephraim Kishon und betreute u.a. die Uraufführungen von Friedrich Dürrenmatt.

Werner Wollenberger lebte mit seine Familie  ab 1960 in Unterengstringen bei Zürich und wurde dort 1978 eingebürgert. 1980 erkrankte der Publizist und Autor an Krebs und starb am 17. Oktober 1982.

2003 wurde die Werner Wollenberger Stiftung gegründet. Diese betreut den umfangreichen literarischen Nachlass des Publizisten. Mit zwei Matineen im Schauspielhaus Zürich 2003 und 2004 wurde Wollenbergers Werk geehrt. 1959 eröffnete das Zürcher Theater am Hechtplatz mit dem Musical "Eusi chlii Stadt".  2009, zum 50. Geburtstag des Theaters, wurde das Stück als Produktion der Werner Wollenberger Stiftung in einer modernen Adaption wieder aufgeführt.